Especial atención merece la capilla de los Benavente, considerada como uno de los conjuntos más relevantes del arte español del Renacimiento, y conocida como la “capilla sixtina del arte castellano” desde que Eugenio d´Ors así la calificara.

Fue construida por encargo del mercader y cambista Álvaro de Benavente, con finalidad funeraria y en alabanza de la Santísima Virgen como Inmaculada Concepción.

La obra comenzó en 1544 y se llevó a cabo por algunos de los mejores artistas del momento. Los hermanos Juan y Jerónimo Corral de Villalpando se encargaron de la construcción  y la decoración escultórica en estuco policromado; colaborando como pintores Antonio de Salamanca, Francisco de Valdecañas y Martín Alonso. La azulejería a los pies del retablo se ha relacionado con el artista de origen flamenco Hans Floris. Y la reja, obra maestra de la rejería renacentista castellana, fue realizada por Francisco Martínez y asentada en 1554. Año en que muere el fundador, por lo que el conjunto se concluye posteriormente, cuando sus testamentarios encargan a Juan de Juni que realice el retablo del ábside en madera policromada (1557-1559).

Está situada en la cabecera de la Iglesia de Santa María, en el lado del Evangelio, espacio que anteriormente ocupaba la sacristía. Es de planta cuadrada y se cubre con cúpula sobre pechinas. La cabecera se cierra con un ábside poligonal con bóveda de horno. Cuenta, a los pies, con sacristía y tribuna. Y dada su finalidad funeraria, se levanta sobre una cripta.

La sobriedad exterior, en estilo romano renacentista, contrasta con la impresionante exuberancia decorativa interior, de una gran riqueza artística, que obedece a un complejo programa  iconográfico, resumido por Fernando Soria como una “visión totalitaria de la revelación de las Sagradas Escrituras”

En el centro del suelo se sitúan los sepulcros de los fundadores, y en el enlosado se encuentran una serie de medallones que contienen inscripciones en latín, relacionadas con la salvación del alma.

En el retablo de los pies destaca en el centro Cristo en majestad entre dos ángeles músicos y los cuatro Padres de la Iglesia latina. Más arriba, en el luneto, se representa la Creación: el Padre Eterno entre el sol y la luna, crea a Eva de la costilla de Adán. A la izquierda, Eva tentada por el demonio, en forma de serpiente, ofrece la manzana a Adán; como consecuencia, a la derecha, el ángel justiciero expulsa a nuestros primeros padres del Paraíso, precedidos por la muerte burlona que toca la guitarra. El escenario es un Edén de exuberante vegetación y gran número de animales en parejas.

En el muro del lado del Evangelio, los sepulcros de los antepasados de Álvaro Benavente, representados como yacentes, con decoración heráldica y epitafio. En los tímpanos de los lucillos, pinturas sobre tabla de las resurrecciones de la hija de Jairo, del hijo de la viuda de Naín y de Lázaro. Por encima, a ambos lados de la ventana que ilumina la capilla, la Virgen y el arcángel San Gabriel en la escena de la Anunciación.

El retablo de la cabecera está presidido por la Inmaculada Concepción, en el ático dos ángeles coronan a María, en torno a la que se organizan diversos relieves dedicados a su genealogía y vida (expulsión de Joaquín del Templo, retiro de Joaquín como pastor y el anuncio del ángel para  que vuelva junto a su esposa, el Abrazo ante la Puerta Dorada, el Nacimiento de la Virgen y su Presentación en el Templo); y en el banco, los cuatro símbolos del Tetramorfos. Destacando también, a los lados del retablo, seis figuras de apóstoles, en torno a dos relicarios protegidos por rejas.

En la bóveda de horno del ábside se encuentra la escena con mayor número de figuras: el Juicio Final. En el centro, el Salvador sobre un carro tirado por  los cuatro símbolos del Tetramorfos, aplastando al demonio y a la muerte. Sobre Él el Espíritu Santo y el Padre Eterno. A sus lados, San Juan y la Virgen, componiendo la Deesis. En la parte inferior, los condenados se retuercen en los suplicios del infierno: guerrero, doctor, rey, obispo, papa… nadie escapa a la justicia divina. Se contrapone, en la parte superior, la escena de los elegidos; a la izquierda, el Antiguo Testamento; a la derecha, el Nuevo.

En las pechinas, sobre las que se levanta la cúpula, aparecen asociados los evangelistas, en el centro; y en su arranque, sibilas.

La cúpula está dividida en una serie de compartimentos por sus numerosos nervios que no se cruzan en el centro, formando tres grupos: en el exterior, personajes del Antiguo Testamento( Moisés, Job, Isaías, Eliseo, Daniel, Jonás, David y Salomón); hacia el interior, una serie de representaciones astrológicas (Sol, Saturno, Venus, Júpiter, Mercurio, Marte, Luna y Ofiuco), entre ellas medallones con ángeles portadores de los instrumentos de la Pasión; por encima de los personajes del Antiguo Testamento, las virtudes (Fe, Esperanza, Caridad, Prudencia, Templanza, Justicia, Fortaleza y Bondad); se intercalan entre ellas medallones con los escudos de la familia Benavente. Por último, cabezas aladas de querubines rodean el octógono central decorado con estrellas sobre fondo azul.

En ella- como escribió J.M Quadrado- “se propuso el Renacimiento diríamos almacenar más que ostentar el caudal de sus riquezas y la fecundidad de sus caprichos”.